Im Bereich der Naturwissenschaften werden am Johanneum die Fächer Biologie (Klassen 5, 6, 8 und 9), Chemie (Klassen 7-9) und Physik (Klassen 5, 7 und 9) unterrichtet.
In allen drei Fächern werden in der Sekundarstufe II regelmäßig Leistungskurse angeboten. Darüber hinaus stehen auch naturwissenschaftliche Projektkurse auf dem Programm.
In der Sekundarstufe I gibt es AG´s in Biologie und Chemie.
Regelmäßig nehmen Schülerinnen und Schülern an Wettbewerben, wie "Chemie entdecken", der internationalen Science Olympiade oder der Internationalen Chemie Olympiade teil.